Innerhalb der vielfältigen evangelikalen Landschaft arbeitet Chrischona im Besonderen mit folgenden Partnern zusammen:
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| | Das Chrischona Gemeinschaftswerk (CWG) ist Mitglied des Evangelischen Gnadauer Gemeinschaftsverbands, der grössten Dachorganisation des Pietismus im deutschsprachigen Bereich. |
| | Das Theologische Seminar St. Chrischona gehört zur CTL Konsortium, einem Zusammenschluss der drei theologischen Seminare St. Chrischona, Tabor und Liebenzell. |
| | Die Pilgermission St. Chrischona ist Mitglied des Verbands evangelischer Freikirchen und Gemeinden in der Schweiz (VFG). |
| | Das Chrischona-Gemeinschaftswerks ist Mitglied im Aufsichtsrat des ERF (Evangeliums-Rundfunk). 1959 war der damalige Direktor der Pilgermission St. Chrischona, Edgar Schmid, Gründungsmitglied des ERF. |