Gerade ein vielseitiges und internationales Werk wie die Pilgermission St. Chrischona braucht klare und überschaubare Strukturen. Zentrales Element ist das Theologische Seminar St. Chrischona. Daneben gehören dem Werk aber viele Zweige an, die rechtlich als Vereine organisiert sind.
So sind der Pilgermission St. Chrischona die Gemeindeverbände in der Schweiz, Deutschland, Frankreich, Luxemburg, Südafrika und Namibia, die Brunnen Verlage Basel und Giessen, der Verein "Hotel und Heime", die Schwesternschaft des Diakonissen-Mutterhauses St. Chrischona und die Arbeitsgemeinschaft für das messianische Zeugnis an Israel (amzi) angegliedert.
Das Komitee ist das oberste Gremium des Chrischona-Verbandes. Seine 26 Mitglieder werden von den zum Verband gehörenden Mitgliedsvereinen delegiert. Präsidiert wird das Komitee von Hans Jörg Hauser.
Dem Komitee als ausführendes Organ unterstellt ist der Vorstand, auch Leitungsteam genannt. Seine sechs Mitglieder treffen sich durchschnittlich alle zwei Wochen und koordinieren das aktuelle Tagesgeschäft der Pilgermission.
Funktion: Direktor Wohnort: Bettingen Jahrgang: 1955 Familie: verheiratet mit Doris, vier Kinder |
| Funktion: Seminarleiter des Theologischen Seminars St. Chrischona Wohnort: St. Chrischona Jahrgang: 1957 Familie: verheiratet mit Irmgard, zwei Kinder |
| Funktion: Geschäftsführer der Pilgermission St. Chrischona Wohnort: Schinznach Dorf Jahrgang: 1960 Familie: verheiratet mit Martha, zwei Kinder |
| Funktion: Inspektor Chrischona-Gemeinschaftswerk und Südliches Afrika Wohnort: Friedrichsdorf Jahrgang: 1947 Familie: verheiratet mit Ruth, drei erwachsene Kinder |
| Funktion: Leiter Gemeinden Schweiz Wohnort: Muttenz Jahrgang: 1960 Familie: verheiratet mit Monika, drei Kinder |
Funktion: Coordinateur UECE Wohnort: Munster im Elsass Jahrgang: 1944 Familie: verheiratet seit 1970 mit Odette (Armenierin aus Marseille); sechs erwachsene Kinder |